Został utworzony dla zachowania i ochrony Jaskini Niedźwiedziej z bogatą szatą naciekową i znaleziskami kostnymi zwierząt plejstoceńskich, zjawisk krasowych występujących w pobliżu oraz ochrony ciekawych i rzadkich gatunków chronionych oraz naturalnych zbiorowisk roślinnych – m.in. drzewostanu bukowego i świerkowego z interesującymi gatunkami roślin runa leśnego i rzadkimi gatunkami roślin wokół jaskini.
Obszar rezerwatu obejmuje najciekawszą w całych Sudetach Wschodnich partię Masywu Śnieżnika, gdzie występują zjawiska krasowe z najcenniejszą częścią jaką jest Jaskinia Niedźwiedzia we wnętrzu wzniesienia Stroma, oraz wyrobiska nieczynnych kamieniołomów marmuru. Podłoże rezerwatu tworzą skały metamorficzne, łupki łyszczykowe, które występują w Masywie Śnieżnika, oraz zmetamorfizowane należące do metamorfiku Lądka i Śnieżnika – marmury kalcytowe i dolomitowe, występujące w postaci soczew oraz łupków łyszczykowych. W dolinie Kleśnicy w skałach wapiennych zachodzą zjawiska krasowe, w wyniku których powstały jaskinie i szczeliny. Przykładem jest Jaskinia Niedźwiedzia z dobrze rozwiniętą szatą naciekową. Ze względu na brak przemysłu, zanik rolnictwa i ograniczenie gospodarki leśnej, następuje naturalne zalesienie, które w niektórych fragmentach rezerwatu może być postrzegane jako „dzikie”.