Rezerwat odznacza się dużym bogactwem roślin z rodziny storczykowatych. Na terenie rezerwatu oraz wokół niego występuje jedna z największych populacji kukułki Fuchsa w regionie, liczącej setki kwitnących osobników. Oprócz niej występuje tu: kruszczyk szerokolistny, kruszczyk rdzawoczerwony (jedyne stanowisko na terenie parku krajobrazowego), buławnik wielkokwiatowy, kukułka szerokolistna. W bezpośredniej okolicy swoje jedyne sudeckie i dolnośląskie stanowiska ma storczyk kukawka i wyblin jednolistny.
Flora grzybów jest stosunkowo słabo zbadana, jednak na terenie żyznej buczyny stwierdzono występowanie rzadkiej i chronionej soplówki bukowej.
Fauna Fauna rezerwatu jest stosunkowo bogata. Zaznacza się tutaj udział wielu gatunków sudeckich, jak i karpackich, a także mezoalpejskich. Do najcenniejszych należą endemity i relikty bezkręgowców, szczególnie przedstawicieli fauny jaskiniowej. W czystych wodach Kleśnicy żyje pstrąg potokowy, minóg strumieniowy i głowacz. Na stokach górskich występuje żmija zygzakowata, zaskroniec, padalec. Z ptaków występuje bocian czarny, jarząbek, cietrzew, głuszec, puchacz, dzięcioł trójpalczasty, czeczotka, pluszcz. Ze ssaków występuje: borsuk, gronostaj, lis, sarna, wiele gatunków nietoperzy, popielica, orzesznica, koszatka leśna, dzik, muflon.