Puchar Świata – 4. miejsce Sezon 2006/2007 był pierwszym w karierze Gregora Schlierenzauera, spędzonym głównie na zawodach Pucharu Świata. Skoczka zabrakło na zawodach w Ruce, inaugurujących sezon. Pojawił się tydzień później podczas zawodów w Lillehammer. 2 grudnia 2006 w pierwszym norweskim konkursie, zajął 4. pozycję. Następnego dnia odniósł swoje pierwsze pucharowe zwycięstwo w karierze. Wyczyn ten powtórzył 16 grudnia 2006 na skoczni w Engelbergu. W drugich zawodach w Szwajcarii uplasował się na 3. miejscu. Po Turnieju Czterech Skoczni (w trakcie którego Schlierenzauer był przez pewien czas liderem Pucharu Świata) Austriaka zabrakło na starcie zawodów na mamuciej skoczni w Vikersund. W Zakopanem, w jednoseryjnym konkursie na Wielkiej Krokwi zajął 9. miejsce. Następne zawody w Oberstdorfie zakończył na 4. i 10. miejscu. W Titisee-Neustadt był 8. i 2., a w Klingenthal wygrał kolejny konkurs. Gorszą lokatę zajął w Willingen – siedemnastą. Po Turnieju Nordyckim Schlierenzauera po raz kolejny zabrakło na lotach narciarskich. Alexander Pointner nie wystawił go do kadry na finałowe konkursy w Planicy.