Na cmentarzu „U” z okresu predynastycznego odkryto grób tzw. Skorpiona I z bogatym wyposażeniem i tabliczkami z pierwszymi hieroglifami. Z okresu wczesnodynastycznego zachowały się stele, np. znajdująca się w Luwrze stela faraona Dżeta, oraz ślady świątyń. Lokalnym bóstwem Abydos był bóg zmarłych Chentiamentu („Pierwszy z Zachodnich”).

W czasach VI dynastii Abydos stało się miejscem kultu Ozyrysa. Pierwotne bóstwo Chentiamentu zachowywało swe znaczenie i przywileje jeszcze w ciągu następnych kilku wieków. Dopiero za panowania XI dynastii przeszło pod władanie Ozyrysa (Chentiamentu został utożsamiony z Ozyrysem – „Ten, który przewodzi Zachodnim”). Zgodnie z wierzeniami starożytnych Egipcjan w Abydos Izyda pochowała szczątki swojego męża zgładzonego i rozczłonkowanego przez Seta (według innych podań – tylko jego głowę). Abydos stało się celem pielgrzymek; od czasów XII dynastii (1985-1795 p.n.e.) odbywały się tam słynne misteria ku czci Ozyrysa. Największy rozkwit miasta nastąpił w okresie panowania XIX dynastii.