Był trzecim, najmłodszym synem (bracia Arthur i Malcolm) generała i bohatera wojny secesyjnej po stronie Unii Arthura MacArthura juniora i Mary „Pinkney” Hardy MacArthur z Norfolk w Wirginii (wraz z braćmi zagorzałej stronniczki Konfederacji), i wnukiem Arthura MacArthura seniora – szkockiego prawnika i polityka z Glasgow – emigranta do USA. Zarówno ojciec i matka byli silnymi indywidualnościami, co nie pozostało bez wpływu na kształtowanie osobowości ich syna. W domu rodzinnym został mu wpojony szacunek dla tradycyjnych wartości i prawa, zaś wychowanie w garnizonach sprawiło, że wcześnie nabył umiejętność jazdy konnej i strzelania.
W 1893 wstąpił do West Texas Military Academy (odpowiednik szkoły kadetów, prowadzony przez cywilną instytucję prywatną), którą ukończył ze złotym medalem. W 1898 zdał egzaminy do akademii oficerskiej wojsk lądowych () w West Point. 11 czerwca 1903 ukończył tę uczelnię z pierwszą lokatą (z jednym z najlepszych wyników w historii – 98,14%) i jako podporucznik otrzymał przydział do wojsk inżynieryjnych. Jego pierwszym posterunkiem były Filipiny, gdzie oddziały amerykańskie toczyły walki w dżungli z lokalnymi desperados oraz partyzantką i gdzie gubernatorem wojskowym był wówczas jego ojciec.