Nie bez znaczenia w wydaniu decyzji o jego ewakuacji był fakt, że amerykańskie dowództwo nie chciało dopuścić do sytuacji zagrażającej możliwością wzięcia do japońskiej niewoli tak wysokiego dowódcy amerykańskiego.

W latach 1942–1945 był dowódcą wszystkich sił alianckich na obszarze południowo-zachodniego Pacyfiku. W czasie pełnienia tej funkcji MacArthur uczynił wszystko, aby dotrzymać obietnicy złożonej po opuszczeniu Filipin. Najpierw jako dowódca obrony Australii bronił Nowej Gwinei, łamiąc japońską ofensywę na Port Moresby. Następnie, wraz ze wzrostem przewagi USA w wojnie, przeszedł do ofensywy, przeprowadzając ogółem 46 pomyślnych desantów w ramach taktyki „żabich skoków” – systematycznego wypierania (lub izolowania) Japończyków z wysp południowo-zachodniego Pacyfiku, nieustannie zmierzając w stronę Japonii.

Pomimo sprzeciwu dowódcy floty, admirała Nimitza, który uważał, że Filipiny można spokojnie ominąć w drodze ku Japonii i unikając zbędnych strat uderzyć na nią najkrótszą drogą – przez Tajwan, na konferencji na Hawajach w lipcu 1944 udało mu się przeforsować decyzję o ataku na Filipiny, argumentując, że pozostawienie ich Japończykom nadszarpnęłoby prestiż Stanów Zjednoczonych w oczach narodów Dalekiego Wschodu na długie lata.