2 września tego roku, jako naczelny wódz państw sprzymierzonych – upoważniony do tego oprócz Trumana przez premiera Winstona Churchilla, Józefa Stalina i Czang Kaj-szeka – przyjął na pokładzie pancernika Missouri bezwarunkową kapitulację Japonii, kończącą ostatecznie II wojnę światową.
14 sierpnia 1945 MacArthur z polecenia prezydenta Trumana został głównodowodzącym sojuszniczych wojsk okupacyjnych w Japonii (). Otrzymał tym samym niemal absolutną władzę nad 70 milionami mieszkańców okupowanego kraju z cesarzem włącznie. Chociaż rząd japoński wciąż formalnie funkcjonował i ustanowiono w Tokio tzw. Radę Sojuszniczą (USA, ZSRR, Wspólnota Brytyjska, Chiny), decyzje tych organów nie były dla generała wiążące. Rządził za pomocą dekretów, które podpisywał we własnym imieniu, a nie rządu Stanów Zjednoczonych. Zagraniczni dyplomaci w Japonii akredytowani byli przy nim, a nie przy cesarzu. Miał prawo rozwiązywać parlament, delegalizować partie polityczne, zwalniać urzędników. Nie zamierzał jednak i nie uczynił ze swoich szerokich prerogatyw niczego, co mogłoby przekształcić Japonię w zniewoloną kolonię, a jego samego w dyktatora podbitej krainy.