Rozpoczęcie działań zbrojnych z bolszewicką Rosją spowodowało, że z końcem marca 1919 Straż Graniczna przeszła pod wyłączną podległość Ministerstwa Spraw Wojskowych, zmieniając przy tym nazwę na Wojskową Straż Graniczną, a dotychczasowe dowództwo formacji przekształcono w Inspektorat Wojskowej Straży Granicznej i podporządkowano drugiemu wiceministrowi Spraw Wojskowych. Struktura wzorowana była na organizacji carskiej Wojskowej Straży Pogranicznej. Jednostki graniczne podlegały Dowództwom Okręgów Generalnych.
Ochrona granicy wschodniej Jesienią 1920 zakończyła się wojna polsko-bolszewicka. Ministerstwo Spraw Wojskowych, w porozumieniu z Naczelnym Dowództwem WP, zarządzeniem z 6 listopada 1920 poleciło utworzyć Kordon Graniczny Ministerstwa Spraw Wojskowych. Linia obsadzona przez siły kordonu biegła od ujścia Seretu do Dniestru aż do Augustowa i Jeziorek. Kordon obsadzony został oddziałami wojskowymi wyznaczonymi do tego celu przez Ministerstwo Spraw Wojskowych. Każde dowództwo okręgu generalnego otrzymało dla swego odcinka po trzy bataliony żołnierzy i po 200 żandarmów wojskowych.