Ze względów organizacyjnych granicę wschodnią i północno-wschodnią podzielono na siedem odcinków granicznych z siedzibami dowództw: w Tarnopolu, Równem, Łunińcu, Lidzie, Wilnie, Święcianach i Grodnie.
Poszukując bardziej efektywnych sposobów ochrony granicy, Ministerstwo Spraw Wojskowych ochronę granicy wschodniej, podobnie zresztą jak zachodniej i południowej, postanowiło powierzyć Batalionom Celnym Ministerstwa Skarbu. Zlikwidowano stacje kontrolne, a w ich miejsce powstawały przejściowe punkty graniczne. Zamierzano zunifikować ochronę granicy państwa i powierzyć ją Ministerstwu Skarbu. Zarządzenie Ministerstwa Spraw Wojskowych w sprawie reorganizacji dotychczasowego systemu ochrony granicy wschodniej ukazało się 9 czerwca 1921. Zarządzenie ustalało: „Wobec nastania okresu pokojowego na obszarze wschodnim oraz zarządzonej likwidacji 4 i 6 Armii Ministerstwo Spraw Wojskowych przystępuje do obsadzenia części granicy rumuńskiej (od Zaleszczyk) oraz wschodniej i północno-wschodniej (w szczególności granicy z Ukrainą, Rosją i Łotwą) przez Bataliony Celne, podobnie jak to ma już miejsce na granicy zachodniej i południowej państwa.