Oskarżeni byli wielokrotnie torturowani i w wyniku załamania psychicznego część z nich przyznała się do winy, jednak podczas „procesu komandorów” wszyscy wycofali zeznania jako wymuszone.
Wyrokiem NSW w Warszawie pod przewodnictwem płka Piotra Parzenieckiego z dnia 21 lipca 1952, „za zorganizowanie spisku w wojsku” na karę śmierci skazani zostali: kmdr por. Robert Kasperski, kmdr Stanisław Mieszkowski, kmdr por. Zbigniew Przybyszewski, kmdr Jerzy Staniewicz i kmdr Marian Wojcieszek, natomiast na kary dożywotniego pozbawienia wolności skazani zostali: kmdr por. Wacław Krzywiec i kmdr por. Kazimierz Kraszewski. 19 listopada 1952 prezydent Bolesław Bierut zastosował prawo łaski wobec kmdra por. Roberta Kasperskiego i kmdra Mariana Wojcieszka, odmawiając go jednocześnie kmdrowi Stanisławowi Mieszkowskiemu i kmdrowi Jerzemu Staniewiczowi. Kmdr por. Zbigniew Przybyszewski nie wniósł prośby o ułaskawienie. W końcu 1952 w więzieniu na Mokotowie w Warszawie rozstrzelani zostali: kmdr Stanisław Mieszkowski (16 grudnia), kmdr por. Zbigniew Przybyszewski (16 grudnia) i kmdr Jerzy Staniewicz (12 grudnia), a pozostali skazani rozpoczęli odbywanie kary w więzieniu we Wronkach. 19 czerwca 1957..