Następny sezon był dla zespołu i Mijatovicia znacznie lepszy, Rijeka zdobyła piąte miejsce, a Mijatović zagrał w 26 meczach, zdobywając 5 goli. Rijeka w tym sezonie wystąpiła w Pucharze Intertoto odpadając w rundzie eliminacyjnej z irlandzkim Saint Patrick's Athletic FC po zwycięstwie lepszym stosunkiem goli zdobytych na wyjeździe. Następny, sezon, 2002 – 2003 był dla Mijatovicia ostatnim jak do tej pory spędzonym w Rijece, bowiem Rijeka zajęła 10. miejsce i znów cudem uchroniła się przed spadkiem. Był to najgorszy sezon dla Mijatovicia - zagrał tylko 20 razy i strzelił 3 gole, nic więc dziwnego, że Mijatović chciał odejść do drużyny, która zapewni mu występy w europejskich pucharach. Został więc defensorem ówczesnego mistrza kraju, zespołu Dinamo Zagrzeb. Z Dinamem w lidze zajął 2. miejsce, za Hajdukiem Split, a sam zawodnik wystąpił w 30 meczach i nie zdobył żadnego gola. W eliminacjach Ligi Mistrzów Dinamo poradziło sobie ze słoweńskim NK Maribor, który pokonali 1:1 i 2:1, a Mijatović w drugim meczu zdobył pierwszą bramkę na 1:0. Jednak w trzeciej rundzie eliminacji Dinamo odpadło ze swoim imiennikiem z Kijowa przegrywając 0:2 i 0:2. Na pocieszenie, po niezdobytym mistrzostwie, zawodnik wygrał wraz z drużyną Puchar Chorwacji pokonując NK Varteks lepszym stosunkiem goli na wyjeździe 1:1 i 0:0.