Historia Region został objęty ochroną jako rezerwat Aborygenów w 1964 roku. Aborygeni zamieszkują ten region nieprzerwanie od ponad 40 tys. lat. Utworzenie parku narodowego zostało po raz pierwszy zaproponowane w 1965 roku. W 1972 roku powstał tu obszar ochrony przyrody. Sam park narodowy powołano do życia na mocy Ustawy o parkach narodowych i ochronie przyrody z 1975 roku (ang. National Parks and Wildlife Conservation Act) i utworzono w trzech etapach w latach 1979–1991. Pod koniec lat 70. XX w. aborygeńscy właściciele ziemi wydzierżawili swoje ziemie Dyrektorowi Parków Narodowych (ang. Director of National Parks), aby nimi wspólnie zarządzać jako parkiem narodowym. W uznaniu języka aborygeńskiego Gagudju (także „Kakadu”), którym posługuje się rdzenna ludność w regionie, park nazwano „Kakadu”. Park został proklamowany na mocy Ustawy o ochronie środowiska i różnorodności biologicznej z 1999 roku (ang. Environment Protection and Biodiversity Conservation Act 1999). W 2013 roku terytorium parku zostało poszerzone o obszar leśny Koongarra.
W 1981 roku park został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO. W 2007 roku park został wpisany na australijską Listę Dziedzictwa Narodowego.