Władze Stowarzyszenia wybierane są na 3-letnią kadencję właśnie podczas zjazdów SPP (ostatni odbył się w dniach 10–11 czerwca 2017).
Do zadań i kompetencji Zarządu Głównego należy reprezentowanie Stowarzyszenia i koordynowanie jego działalności, a także w szczególności: ochrona moralnych i materialnych interesów pisarzy, wykonywanie uchwał Walnego Zjazdu Delegatów, określenie kompetencji Prezydium Zarządu Głównego oraz czuwanie nad tokiem ogólnych spraw organizacyjnych, kierowanie sprawami gospodarczymi Stowarzyszenia, wspieranie finansowe oddziałów i klubów, przyjmowanie i skreślanie członków w trybie przewidzianym statutem, zwoływanie Zjazdu Delegatów i składanie sprawozdania ze swojej działalności. Zarząd Główny jest uprawniony do dokonywania czynności prawnych w imieniu Stowarzyszenia.
Dotychczasowi prezesi Stowarzyszenia Pisarzy Polskich: Jan Józef Szczepański (1989–1990), Andrzej Braun (1990–1993), Ludmiła Marjańska (1993–1996), Marian Grześczak (1996–1999), Janusz Odrowąż-Pieniążek (1999–2002), Piotr Wojciechowski (2002–2005), Janusz Krasiński (2005–2008), Sergiusz Sterna-Wachowiak (2008–2017), Anna Nasiłowska (od 2017)
Prezesi honorowi: Jan Józef Szczepański (1990–2003), Janusz Krasiński (2008–2012), Julia Hartwig (2014–2017).