Jako Fisher gracz ma zlokalizować agentów i wyjaśnić tę sytuację.
Fisher potajemnie ląduje w Tbilisi w Gruzji. Okazuje się, że obaj agenci Madison i Blaustein zostali zamordowani. Fisher trafia do komisariatu, gdzie odszukuje zwłoki agentów. Okazuje się, że specjalne nadajniki zostały wyjęte z ich ciał. Agent wpada na trop Wiaczesława Grinko. Ląduje w Gruzińskim Ministerstwie Obrony i dowiaduje się o taktyce „Szklanego Sztyletu” gruzińskich sił specjalnych. Gruzja atakuje siłami specjalnymi Azerbejdżan, popełniając zbrodnie wojenne i zajmując zasoby ropy naftowej. USA wraz z NATO kontratakują, lecz wytropienie oddziałów Gruzinów jest trudne, ponieważ używają specjalnej sieci komunikacji. Kombayn Nikoladze znika, a Sam Fisher zostaje wysłany na platformę wiertniczą, aby zdobyć kod do komunikacji Gruzinów. Gruzja atakuje USA bronią informacyjną opracowaną przez Kanadyjskiego hakera Philipa Masse'a. W USA zapanował chaos: nagły brak prądu, dezinformacja komunikacji i sabotaż ważnych zakładów i instytucji. Wobec tak precyzyjnych uderzeń Trzeci Wydział podejrzewa, że Gruzini mają szpiega w CIA. Fisher zostaje wysłany do centrali CIA w Langley w stanie Virginia, aby zbadać całą sprawę. Dowiaduje się, że analityk, Mitchell Dougherty, przechowywał tajne dane na niezabezpieczonym komputerze.