Sam Fisher (któremu głosu użyczył Michael Ironside), oznaka gry, jest bardzo doświadczonym agentem specjalnym Trzeciego Eszelonu. Przede wszystkim jest on dobrze wyszkolony fizycznie – oprócz klasycznych w grach komputerowych możliwości typu ruch, skoki czy kucanie potrafi wspinać się po ścianach z punktami wypukłymi, odbijać się od każdej ściany oraz wykonywać pomiędzy dwoma ustawionymi równolegle do siebie tzw. skok łączony – szpagat z podparciem na ścianach wykonany po odbiciu się od nich pozwalający zostać niezauważonym przez strażników niepatrzących w górę.
Fisher jest także wyposażony w najnowsze zabawki technologiczne amerykańskich wywiadów – klasyczny trójświetlny noktowizor wydzielający zielone światło, służący do widzenia w ciemności (kosztem zauważenia przez strażników), będący obok Fishera największym znakiem rozpoznawalnym serii; termowizor wykrywający ciepło do lokalizowania niewidocznych strażników; pistolet 5-7; wytrych do otwierania zamkniętych drzwi (otwierający zawiasy interaktywnie za pomocą gracza);