W 2000 roku dokonano fuzji z Piastem Czerwieńsk i przyjęto nazwę ASPN „Zryw”, a w 2001 roku z Lechem Sulechów w wyniku czego przyjęto nazwę KS „Lech-Zryw”, następnie KS „Lech-Zryw Sulma” i ostatecznie KS „Lech Sulma”. 25 stycznia 2005 roku klub powrócił do historycznej nazwy KS „Lechia”. W 2008 roku zielonogórska drużyna dokonała fuzji z Fadomem Nowogród Bobrzański. Latem 2012 roku UKP Zielona Góra wchłonął Lechię po której przejął miejsce w III lidze i rozpoczął działalność sportową pod nazwą Stelmet UKP Zielona Góra i tym samym Lechia przestała istnieć. 15 czerwca 2017 roku legendy Lechii zagrały w meczu wspomnień. W styczniu 2018 roku zespół Lechii zagrał charytatywny mecz na hali podczas Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy w Zielonej Górze.
W lipcu 2019 roku Lechia została reaktywowana na bazie piłkarskiego Klubu Sportowego Falubaz i przystąpiła do rozgrywek III ligi (grupa III).
Lechia Zielona Góra posiadała także sekcję piłki nożnej kobiet.