władze ZPO „Komes” wystosowały pismo, w którym wycofały zgodę na dalsze wykorzystywanie nazwy „Komes”. 9 kwietnia 1987 r. na zebraniu sprawozdawczo-wyborczym członkowie klubu przyjęli oficjalnie nazwę „MLKS”.
W październiku 1993 r. podczas walnego zebrania sprawozdawczo-wyborczego zmieniono status klubu na miejski, a nazwę na Klub Sportowy „Polonia” Słubice. W 1994 r. powołano zespół rezerw. W sezonie 1994/1995 Polonia wywalczyła awans do klasy makroregionalnej (IV poziom) oraz zdobyła po raz pierwszy w historii Puchar Polski na szczeblu wojewódzkim. Po jednym sezonie – 1995/1996 – spędzonym w klasie „M” klub wywalczył historyczny awans do rozgrywek centralnych (III liga) oraz przystąpił do Pucharu Polski na szczeblu centralnym w którym zagrał pierwszy raz w historii dochodząc do rundy II. W lutym 1997 r. zmieniono nazwę z Klub Sportowy na Miejski Klub Sportowy Polonia. Sezon 1997/1998 w III lidze klub zakończył na czwartym miejscu ze stratą 9 pkt. do lidera co do tej pory pozostaje najwyższym osiągnięciem ligowym klubu. W ostatnim swoim sezonie III ligi (1999/2000) klub zajął 16. pozycję i spadł do IV ligi lubuskiej.