W sierpniu 1944 wobec zagrożenia sowieckiego mjr J. Szklarek rozwiązał swój oddział. W lutym 1945 po przejściu frontu wznowił działalność zbrojną, tym razem skierowaną przeciw polskim komunistom. Z ważniejszych akcji można wymienić ataki na posterunki MO w Zawadach w marcu 1945 i Kobylinie pod koniec listopada tego roku. Jednocześnie od sierpnia pełnił funkcję komendanta Okręgu III Białostockiego NZW. Organizował na swoim obszarze Pogotowie Akcji Specjalnej.
Okres powojenny, aresztowanie, stracenie We wrześniu 1945 wydał rozkaz przeprowadzenia pacyfikacji terenów południowo-wschodnich powiatu bielskiego, którą przeprowadziła 3 Wileńska Brygada NZW Romualda Rajsa ps. „Bury”. Zostało spalonych kilka wsi i zamordowanych 79 polskich obywateli wyznania prawosławnego, co potwierdziły śledztwa z lat 40. oraz współcześnie śledztwo IPNBiałorusini i stosunki polsko-białoruskie na Białostocczyźnie 1944–1956, t. I cz. 2, s. 29..
28 marca 1946 został aresztowany przez UB. Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie skazał go 10 grudnia tego roku na karę śmierci.