Jest wegetarianką i aktywistką na rzecz praw zwierząt. W 2009 r. wystąpiła z Pamelą Anderson w kampanii reklamowej PETA. Ponadto jest zadeklarowaną przeciwniczką wojny w Iraku oraz broni atomowej. Wspiera ruchy LGBT. W wyborach prezydenckich w Stanach Zjednoczonych w 2012 roku wyraziła poparcie dla Jill Stein.
Życie prywatne Nina Hagen została wychowana w duchu ateizmu. W latach 70. zaczęła praktykować hinduizm, w 2009 zmieniła wyznanie na protestantyzm i przyjęła chrzest w kościele ewangelicko-reformowanym.
Hagen była czterokrotnie zamężna. W 1987 r. poślubiła swojego 17-letniego fana, znanego pod pseudonimem „Iroquois”. W 1989 r. wyszła za Francuza Franka Chevaliera, z którym ma syna Otisa Chevallier-Hagena (ur. 1990). W latach 1996–2000 była żoną Davida Lynna. W 2004 r. poślubiła muzyka Lucasa Alexandra Breinholma, z którym rozwiodła się w 2005 r. po 11 miesiącach małżeństwa. Artystka spotykała się także z muzykami , Anthonym Kiedisem, Mickiem Marsem oraz Ferdynandem Karmelkiem, z którym ma córkę Cosmę Shivę Hagen (ur. 1981).