W latach 90. Strummer był DJ-em w stacji BBC World Service z półgodzinnym programem London Calling.

W 1999 powołał nowy zespół: The Mescaleros. Nagrał z nim trzy płyty.

15 listopada 2002 roku Strummer i The Mescaleros zagrali koncert w londyńskim Acton Town Hall. Wśród publiczności był Mick Jones który dołączył do zespołu na scenie podczas wykonywania utworu The Clash „Bankrobber”. To był pierwszy wspólny występ na jednej scenie Strummera i Jonesa od 1983 roku. Jones powiedział później, że „to było całkowicie nieplanowane (...), że poczuł, że musi dołączyć do Stummera na scenie”.

Ostatni koncert Strummer dał w Liverpool Academy 22 listopada 2002 roku. Krótko przed swoją śmiercią razem z wokalistą U2 Bono napisali piosenkę „46664”, stanowiącą część kampanii przeciwko AIDS w Afryce.

Końcowe lata życia Strummer związał z miejscowością Bridgwater, na obrzeżach której mieszkał, w miejscowości Broomfield. Strummer zmarł 22 grudnia 2002 roku w swoim domu.