W Londynie Kœnig dołączył do gen. Charles’a de Gaulle'a i został awansowany na pułkownika. Został szefem sztabu w pierwszych dywizjach Wolnych Francuzów. W 1941 roku brał udział w kampaniach w Syrii i Libanie i Gabonie. Później awansował na generała i objął dowództwo Pierwszej Brygady Francuskiej w Egipcie. Jego jednostka złożona z 3700 ludzi utrzymywała się przeciwko pięciu dywizjom sił Osi (ok. 37 tys. żołnierzy) przez 16 dni w bitwie pod Bir Hakeim, dopóki nie nakazano im wycofać się 11 czerwca 1942 r. Gen. de Gaulle powiedział wtedy do Kœniga: „Słuchaj i powiedz swoim żołnierzom, że cała Francja cię obserwuje, jesteś naszą dumą”.
Później Kœnig służył jako delegat Wolnych Francuzów w zjednoczonym dowództwie alianckim pod kierownictwem gen. Dwighta D. Eisenhowera. W 1944 roku otrzymał dowództwo wszystkich sił Wolnych Francuzów, które uczestniczyły w inwazji na Normandię. Kœnig był także doradcą wojskowym de Gaulle'a. W czerwcu 1944 roku otrzymał dowództwo Francuskich Sił Wewnętrznych (FFI) w celu zjednoczenia różnych francuskich grup oporu pod kontrolą de Gaulle'a. Pod jego dowództwem FFI prowadziła walkę w stylu Maquis, preferując sabotaż prowadzony w celu wsparcia wojsk inwazyjnych. Rola FFI stała się decydująca w bitwie o Normandię i podczas lądowania w Prowansji amerykańskiej 7 Armii i francuskiej Armii B.