W latach 90. liczba pasażerów zaczęła systematycznie maleć. W 1992 roku zlikwidowano na tej linii kolejowej istniejący od 1918 roku pociąg relacji Lublin – Kraków, a w 1993 roku pociąg relacji Zagórz – Warszawa, następnie w 2000 roku znacznie zredukowano liczbę pociągów osobowych (m.in. zlikwidowano wtedy pociąg relacji Hrubieszów/Bełżec – Zamość – Wrocław). W 2009 zlikwidowano ostatnie połączenia pasażerskie przez tę stację. Najpierw 19 sierpnia 2009 spółka Przewozy Regionalne usunęła z rozkładu ostatnią parę autobusów szynowych kursującą na trasie Dębica – Stalowa Wola-Rozwadów, następnie 1 września PKP Intercity wycofała pociąg pasażerski „Hetman”. Zbędne elementy logistyki kolejowej zlikwidowano, a budynek dworca został zamknięty.

Starania o przywrócenie przewozów pasażerskich W wyniku starań posłów z okolic Mielca spółka PKP Intercity została zobowiązana przez Ministerstwo Infrastruktury żeby najpóźniej 1 marca 2011 roku przywrócić zlikwidowany pociąg „Hetman” jako TLK. W wyniku zmiany trasy pociąg pojechał przez Kolbuszową i tym samym ominął Mielec. W latach 2009–2021 przez stację przejeżdżały tylko pociągi towarowe państwowego PKP Cargo i prywatnych spółek kolejowych.

Od 2011 r.