Okres po wojnie W lipcu 1945 r. powrócił do Warszawy, nawiązując kontakt z byłym kolegą z NSZ NN ps. Marcin, który podczas okupacji był sekretarzem komendanta obwodu NSZ i redaktorem pisma „Wielka Polska” oraz komendantem Obszaru I Warszawskiego NZW mjr. Mieczysławem Grygorcewiczem ps. Ostromir. Dzięki nim wstąpił do Narodowego Zjednoczenia Wojskowego, zostając wkrótce komendantem Okręgu Warszawa, podległego bezpośrednio KG NZW. Zajmował się wówczas werbunkiem nowych członków, szkoleniem ich, prowadzeniem wykładów o tematyce wojskowej i politycznej; udało mu się zorganizować na terenie miasta dwie sekcje. Planował dokonanie akcji mających na celu zdobycie środków finansowych, m.in. na kasę kolejki EKD, czy właściciela fabryki cukierków Adama Bałabana. Jednakże w wyniku działalności informatora UB do napaści nie doszło, a sam S. Nowaczek został 14 grudnia 1945 r. aresztowany. Osadzono go w areszcie śledczym na Pradze przy ul. Cyryla i Metodego, gdzie przeszedł brutalne śledztwo. 29 lipca 1946 został skazany przez Sąd Rejonowy w Warszawie pod przewodnictwem mjr. Marcela Kota (Abram Sterenzys), nr sprawy R.3129/46BUiAD IPN, Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie, sygn. Sr. 207/46 (przejęte z Archiwum Państwowego m. st. Warszawy);