XIV–XVIII wiek Zabudowania zostały na nowo porzucone w czasie wojny stuletniej; zakonnicy wrócili do zdewastowanych obiektów dopiero w 1483. Od 1523 opaci klasztoru byli wyznaczani przez króla, a nie - jak do tej pory - przez zgromadzenie. Wojny religijne również nie oszczędziły opactwa, które zostało w 1562 spalone przez protestantów, tracąc wówczas relikwie św. Wandrille’a. Dalsze napaści oraz pożary w wiekach XVI i XVII położyła na trwałe kres świetności Fontenelle, mimo odbudowy zniszczonych elementów kompleksu w XVIII stuleciu.
Rozbiórka i restauracja W czasie wielkiej rewolucji francuskiej zgromadzenia zakonne w kraju zostały oficjalnie zamknięte, a mnisi zostali zmuszeni do opuszczenia klasztoru. Jeden z nich, Louis-François Lebrun, został zabity za odmowę opuszczenia kościoła klasztornego. 1 października 1995 został beatyfikowany przez Jana Pawła II. W 1792 dobra klasztorne wystawiono na licytację i sprzedano za 100 tys. franków w asygnatach Cyprienowi Lenoirowi, który przejął całość zabudowań poza kościołem klasztornym, rozebranym na cegły.