W latach 1987–1988 znaleziono tu bardzo rzadkie, w Polsce zagrożone wyginięciem gatunki porostów – łuskotek wątrobiasty Catapyrenium lachneum, trzonecznica rdzawa Chaenotheca ferruginea, błyskotka brodawkowata Fulgensia bracteata, pawężnica psia Peltigera canina, łuszczak zwodniczy Psora decipiens, odnożyca opylona Ramalina fastigiata, dołczanka torbiasta Solorina saccata, garbatka niebieskoczarna Thalloidima sedifolium i rzadką kruszynkę rozgałęzioną Synalissa symphorea. Aby ochronić nawapienne murawy wąwozu przed zarastaniem krzewami i drzewami stosuje się ich ochronę czynną. W Wąwozie Szopczańskim miała miejsce nielegalna introdukcja ostróżki wyniosłej, rośliny naturalnie w Pieninach nie występującej.
Historia Według legend podobno w Wąwozie Homole ukrywała się miejscowa ludność podczas najazdów mongolskich i urządzano w nim zasadzki na Szwedów podczas potopu szwedzkiego.
O Wąwozie Szopczańskim pisał M.B.Z. Stęczyński w 1860 roku:
Ta nachyla swe szczyty i zdaje się smucić, Jak gdyby na przechodnia chciała się przewrócić; Tamta rozpadlinami czarnymi przeraża, Że nawet i ptakowi zbliżyć