Przy kościele w 1581 roku wybudowano szpital (przytułek) i założono szkołę parafialną. Z tego czasu (1578) pochodzi też pierwsza wzmianka o zamieszkałych w Zaklikowie Żydach.
Zygmunt Zaklika nie pozostawił spadkobiercy i po jego śmierci w 1585 roku dobra zdziechowicko-zaklikowskie nabył od jego braci Marcin Gniewosz herbu Kościesza z Dalewic, który nadał mieszczanom 1/4 gruntów. Przywilej ten potwierdził Zygmunt III Waza w 1590 roku. Gdy nowy właściciel Zaklikowa i Zdziechowic przeszedł na kalwinizm, zamienił kościół parafialny w zbór kalwiński. Jednak po jego śmierci wdowa po nim, Anna nawróciła się na katolicyzm, a zbór w Zdziechowicach spłonął (1594). Nową parafię – już w Zaklikowie – pw. św. Anny, erygowano staraniem Anny Gniewoszowej w nowym, murowanym kościele pw. Trójcy Przenajświętszej w 1608 roku. Anna ufundowała też uposażenie dla nauczyciela szkoły parafialnej, która od tej pory działała przy nowym kościele. Jeszcze w XVII wieku właścicielami dóbr zdziechowicko-zaklikowskich została rodzina Załuskich zaś w XVIII wieku Małachowskich. W czasie trwającej w latach 1700–1721 wojny północnej uległ zniszczeniu zaklikowski zamek. W 1789 roku miasto liczyło sobie 753 mieszkańców, z czego 235 było Żydami (31,2 proc. ogółu) i należało do nich 41 domów. W 1791 roku Zaklików nabył Józef Puchała.
Okres rozbiorów: utrata praw miejskich thumb|Pamiątkowy słup graniczny z czasów zaborów