Po przejściu na emeryturę osiadł we Lwowie, gdzie był kapelanem w zakonie benedyktynek oraz katechetą w prowadzonej przez nie szkole. Od 1938 roku mieszkał w Brodach, gdzie zajmował się działalnością charytatywną i społeczną. W 1936 roku uruchomił fundację stypendialną własnego imienia.
Po kampanii wrześniowej aresztowany przez NKWD. Wyciągnęli go z więzienia przyjaciele z dziecięcych lat i radzili uciekać z Brodów, ks. Bogucki nie posłuchał uważał, że nic nie zrobił i nie był niczego winny. Aresztowano go po raz drugi. Z Brodów przewieziony do Lwowa, a stamtąd zesłany w głąb Rosji do Chersonia, gdzie przebywał w jednej celi z gen. Mariuszem Zaruskim i zmarł w maju/czerwcu po 1941 roku. Najpierw zmarł gen. Zaruski, a po kilku dniach gen. Bogucki. Obydwaj pochowani zostali w zbiorowych mogiłach na cmentarzu więziennym, którego już nie ma.
Przypisy
Bibliografia T. Kryska Karski, S. Żurakowski, Generałowie Polski Niepodległej, wyd.: Editions Spotkania Warszawa 1991. H. P Kosk, Generalicja polska, t. 1, wyd.: Oficyna Wydawnicza „Ajaks” Pruszków 1998.