Brał czynny udział w przygotowaniach do kolejnych agresji: kierował pracami nad planami działań operacyjnych przeciwko Polsce w roku 1939, Norwegii (kampania norweska), Europie Zachodniej i niedoszłej inwazji na Wielką Brytanię w roku 1940, przeciw Grecji oraz Jugosławii (kampania bałkańska) w 1941. Pod jego kierownictwem opracowano plan agresji na Związek Radziecki (plan Barbarossa).
Został zdymisjonowany 24 września 1942 ze względu na odmienne od Hitlera koncepcje strategiczne – nie zgadzał się na przesunięcie części sił w celu zajęcia Stalingradu. Do tego czasu Halder był wspólnikiem w planowaniu i realizacji narodowosocjalistycznej, rasowo-ideologicznej wojny podboju i eksterminacji.
Po zamachu na Hitlera 20 lipca 1944 roku został aresztowany i wysłany do obozu koncentracyjnego we Flossenbürgu, a następnie do Dachau.
thumb|Halder podczas procesu, 1948 Po wyzwoleniu obozu przez wojska amerykańskie 5 maja 1945 został ponownie internowany w oczekiwaniu na proces lub zwolnienie. Mimo że był jednym z najbardziej wpływowych urzędników wojskowych III Rzeszy, nie został oskarżony w procesach norymberskich; zamiast tego był sądzony przed niemieckim sądem pod zarzutem pomagania reżimowi nazistowskiemu.