W 2016, z okazji siedemdziesiątej piątej rocznicy urodzin i pięćdziesięciolecia pracy naukowej, ukazała się księga jubileuszowa zadedykowana prof. Jerzemu Wojtczakowi-Szyszkowskiemu, okolicznościowy tom „Vox Patrum” (Miscellanea patristica, „Vox Patrum”. R. 36, t. 65, s. 1–900, red. Piotr Szczur, Józef Figiel SDS, Wydawnictwo Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, Lublin 2016). W 2022 otrzymał nagrodę Ministra Edukacji i Nauki za całokształt dorobku naukowego.
Był żonaty z Haliną Szyszkowską. Zmarł 22 lutego 2024. 29 lutego 2024 pochowany w grobie rodzinnym na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.
Publikacje książkowe Rozprawy naukowe De Lactantio Ciceronis aemulo et sectatore, Wrocław 1969, OCLC 169462986 O filozofii Ksenokratesa z Chalcedonu, Warszawa 1980, Średniowieczne życiorysy bł. Kingi i bł. Salomei, Warszawa 1999, Żywot świętej Kingi Jana Długosza: studia nad językiem i stylem, Paprotnia 2004,
Poezje łacińskie Gloria, laus, honor, Ząbki 2004, Te decet hymnus, Białystok 2011,