Życie prywatne Od 1961 żonaty z Bożeną Mamontowicz-Łojek (1937–2010), która po jego śmierci ustanowiła w 1989 Nagrodę im. Jerzego Łojka (następnie finansowaną i wyłącznie zarządzaną przez Fundację im. Jerzego Łojka przy Instytucie Józefa Piłsudskiego w Nowym Jorku), przyznawaną „dla autorów prac o tematyce niepodległościowej i historycznej z zakresu wypełniania białych plam w historii”. Spełniając testament męża zaangażowała się na rzecz upamiętnienia zbrodni katyńskiej, współtworząc stowarzyszenie Rodziny Katyńskie. Zginęła 10 kwietnia 2010 w katastrofie smoleńskiej.
Jerzy Łojek był stryjem Piotra Łojka.
Dzieła Opublikował ponad 350 artykułów i 34 książki. Do jego ważniejszych prac należy zaliczyć: 1960 Dziennikarze i prasa w Warszawie w XVII wieku (Książka i Wiedza, Warszawa) 1964 Rok nadziei i rok klęski 1791-1792 (Czytelnik, Warszawa) 1966 Szanse Powstania Listopadowego (PAX, Warszawa) 1970 Dzieje pięknej Bitynki. Historia życia Zofii Potockiej 1760-1822 (PAX, Warszawa) 1972 Wiek markiza de Sade (Wydawnictwo Lubelskie, Lublin) 1979 Wokół sporów i polemik. Szkice historyczne (Wydawnictwo Lubelskie, Lublin (1979 seria I),(1984 seria II), wyd.