W maju 2001 roku rozpoczęto budowę piątego pasa o długości 2700 m. Został ukończony kosztem 1,28 miliarda dolarów, otwarto go 27 maja 2006„Atlanta International Airport: Fifth Runway”. i był pierwszym nowo wybudowanym pasem od 1984 roku. Z pięcioma pasami startowymi, Hartsfield-Jackson jest jednym z kilku lotnisk, na których mogą lądować jednocześnie trzy samoloty. Piąty pas zwiększył zdolność do lądowań i startów o 40%, ze średnio 184 lotów na godzinę do 237 lotów na godzinę.
Równolegle z budową piątego pasa startowego powstała nowa wieża kontrolna, umożliwiająca obserwację całej drogi startowej. Nowa wieża kontrolna jest najwyższą wieżą kontrolną lotniska w Stanach Zjednoczonych, o wysokości ponad 121 m. Starą wieżę kontrolną zburzono 5 sierpnia 2006
Rada miasta Atlanty w dniu 20 października 2003 r. przegłosowała zmianę nazwy z Hartsfield Atlanta International Airport na obecną Hartsfield-Jackson Atlanta International Airport, na cześć byłego burmistrza Maynarda Jacksona, pierwszego afroamerykańskiego burmistrza Atlanty, który zmarł 23 czerwca 2003 roku.