Po rozwiązaniu NKN powrócił w lutym 1918 do pracy w IV Gimnazjum w Krakowie, powrócił też do pracy naukowej, przygotowując pracę o Andrzeju Fryczu Modrzewskim, którą zamierzał przedstawić jako rozprawę habilitacyjną. W październiku 1918 złożył podanie o habilitację na Uniwersytecie Jagiellońskim (jego praca, Andrzej Frycz z Modrzewia. Studium z dziejów kultury polskiej ukazała się drukiem dopiero w roku następnym).
Dwudziestolecie międzywojenne Jego starania o habilitację przeciągały się aż do 1920. Rada Wydziału Filozoficznego UJ domagała się od niego początkowo (stosunkiem głosów 24:9 przy 1 votum separatum) przeprosin za działalność polityczną podczas wojny, ostatecznie zarzuty jednak wycofała. 12 marca 1920 uzyskał ostatecznie habilitację i został kandydatem do objęcia katedry historii kultury. 4 maja 1920 otrzymał nominację na profesora nadzwyczajnego. Od tego roku rozpoczął na UJ karierę uniwersytecką. W 1924 został mianowany profesorem zwyczajnym. Prowadził seminarium z historii kultury (jego słuchaczami byli m.in.