Potem brał udział w wypadkach 18 Brumaire’a – na czele 25 grenadierów wydobył z sali Rady Pięciuset prezesa posiedzenia, Lucjana Bonapartego. W nagrodę otrzymał dowództwo 14., 15. i 17 Dywizji. Nie brał udziału w kampanii 1805, zamiast tego organizował pułki gwardii w różnych departamentach Francji.
W wojnie 1806 Lefebvre walczył m.in. pod Jeną (gdzie dowodził piechotą gwardii). Potem wysłany został przez Cesarza do Gdańska, który miał zdobyć. Zaczął oblegać ją w marcu, mając do pomocy korpusy Lannesa i Oudinota, a mimo to twierdza kapitulowała dopiero w połowie maja. Za zdobycie Gdańska Napoleon nadał mu tytuł księcia Gdańska. W wojnie w Hiszpanii Lefebvre dowodził IV Korpusem, walczył pod Durango, Guenes, Espinosa, zdobył Bilbao, potem wrócił do Niemiec, gdzie objął dowództwo armii Bawarii. Na jej czele bił się pod Tann, Ebersbergiem, Eckmuhl i Wagram.
W wyprawie rosyjskiej dowodził starą gwardią, w 1813 zaś dowodził lewym skrzydłem, gdzie bił się pod Montmirail, Arcis-sur-Aube i Champ-Aubert.