Przebieg zdarzenia O poranku 20 sierpnia 1990 w Ursusie panowała gęsta mgła. Przed godz. 6:20 pod semaforem samoczynnej blokady liniowej o numerze 94 zlokalizowanym przy torze nr 2 linii kolejowej nr 1, nieopodal przystanku osobowego Warszawa Ursus (w pobliżu ul. Traktorzystów), zatrzymał się pociąg osobowy 6113/4 ze Szklarskiej Poręby Górnej do stacji Warszawa Wschodnia, tego dnia jadący z opóźnieniem – rozkładowy przyjazd na stację Warszawa Zachodnia wyznaczony był na godz. 6:15. Na semaforze wyświetlony był sygnał S1 Stój. Maszynista osobowego po odczekaniu 2 minut pod semaforem ruszył dalej, pomijając semafor 94 i sygnał Stój. Taką sytuację dopuszczała Instrukcja R1 o prowadzeniu ruchu pociągów, nazywając ją jazdą na widoczność z prędkością maksymalną 20 km/h, aby w razie zauważenia niebezpieczeństwa maszynista mógł natychmiast zatrzymać pociąg.
Za pociągiem 6113/4 jechał interexpress Silesia nr 41008/7 relacji Praha hlavní nádraží – Warszawa Wschodnia. On również był opóźniony – według rozkładu, miał przyjechać na stację Warszawa Zachodnia o godz. 6:04. Na każdym mijanym semaforze samoczynnej blokady liniowej był wyświetlony sygnał S2 Jazda z największą dozwoloną prędkością.