Wprowadzenie drugiej generacji na rynek Lexus promował pochodzącym z Makbeta Szekspira cytatem "Something wicked this way comes". Drugie wcielenie Lexusa GS odniosło większy sukces niż pierwowzór, w pierwszym roku produkcji sprzedaż osiągnęła poziom 30 622 sztuk, od roku 2000 ustabilizowała się na poziomie 28 079 egzemplarzy. Sugerowane ceny detaliczne na rynku USA dla wersji GS 300 i GS 430 wynosiły odpowiednio 38 000 $ i 47 000 $. Sukces jaki odniosła druga generacja sprawił, że Lexus kontynuował jej produkcję przez osiem lat.
W roku 1998 Lexus GS zdobył tytuł Import Car of the Year w rankingu magazynu Motor Trend. W latach 1998–2000 figurował także w zestawieniu Ten Best magazynu Car and Driver. W testach IIHS samochód z rocznika 1999 zebrał notę "Good" za zderzenie czołowe.
Facelifting W roku 2000 przeprowadzono facelifting modelu, zmodernizowana wersja oferowana była na rynku USA jako rocznik 2001. Była to jedyna większa modernizacja drugiej generacji Lexusa GS. Zmieniono wygląd lamp w tylnym pasie nadwozia, atrapę chłodnicy oraz nieznacznie przydymiono klosze przednich reflektorów. Dla wersji z silnikami V8 standardem stały się ksenonowe reflektory w technice HID, opcjonalnie dostępne dla GS 300.