W sierpniu 1920 r. był członkiem Komitetu Rewolucyjnego w Łapach. Podczas wojny polsko-bolszewickiej 1920 r. był sekretarzem Polrewkomu w Wysokiem Mazowieckiem, za co został skazany na karę śmierci. Udało mu się ukryć i wyjechać do Warszawy, dzięki czemu uniknął wykonania wyrokuSłownik historii Polski, Wiedza Powszechna, Warszawa 1973, s. 275, hasło „Nowotko Marceli”.historyk Wojciech Roszkowski wymienił Nowotkę jako jednego z tych, którzy ponosili największą odpowiedzialność „za krew polską przelaną wówczas w interesie bolszewickiego imperium”.
Po wojnie 1920 r. Nowotko działał na Śląsku, Kieleckiem, Wielkopolsce i w ówczesnej Wschodniej Polsce. Od 1921 przewodniczący Związku Zawodowego Metalowców. W październiku 1921 współorganizował strajk robotników rolnych w Wielkopolsce. Od 1923 r. członek KC KPZU. W 1924 został członkiem Wydziału Rolnego KC KPP. Później był sekretarzem komitetów okręgowych KPP w Warszawie, Zagłębiu Dąbrowskim i dwukrotnie w Łodzi. Delegat na IV Zjazd KPP w Moskwie w 1927. W latach 1929–1933 więziony za działalność komunistyczną na Pawiaku i Mokotowie, był starostą komun więziennych. W 1934 został kierownikiem Wydziału Rolnego KC KPP, a w 1935 członkiem Sekretariatu Krajowego KC KPP. 7 kwietnia 1935 został aresztowany wraz z Czesławem Skonieckim. W procesie bronił go adwokat Teodor Duracz.