Jednak, podobnie jak przed wojną w Hiszpanii, ujawniały się różnice w koncepcjach tworzenia struktur ruchu komunistycznego w okupowanej Polsce pomiędzy Mołojcem a ścisłym kierownictwem przyszłej partii. Podczas szkoleń w ZSRR pisał w tej sprawie memoriały do Stalina. Leon Kasman wspominał: „List, który wysłał do Stalina nie był przedyskutowany z grupą (…). Pamiętam jedynie, że był on w stylu Ty mnie rozumiesz, a ja ciebie Stalinie”. Rozbieżności dotyczyły przede wszystkim nadrzędności struktur wojskowych nad politycznymi i patriotyzmu polskiego nad komunizmem. Mołojec uważał, że komuniści powinni zbudować silną organizację wojskową opartą na hasłach przede wszystkim patriotycznych. Komórki komunistyczne istniałyby jedynie jako zarządy polityczne przy jednostkach wojskowych. Zwyciężyła jednak koncepcja reprezentowana przez Marcelego Nowotkę i Pawła Findera zakładająca budowę silnej partii komunistycznej, której podporządkowany byłby ruch partyzanckiAndrzej Werblan „Władysław Gomułka. Sekretarz Generalny PPR” Książka i Wiedza 1988 str.