Nowy dyrektor Zdzisław Linkowski utworzył działy: Archeologii, Sztuki Dawnej, Sztuki Współczesnej, Historii Regionu, Etnologii, Techniki i Żeglugi Warciańskiej, Oświatowy, Gabinet Numizmatyczny i Medalierski oraz Arboretum.
Podczas obchodów 55-lecia we wrześniu 2000 zmieniono nazwę na: Muzeum Lubuskie im. Jana Dekerta.
Lokalizacja Początkowo muzeum mieściło się w nieistniejącej obecnie 5-pokojowej willi przy ul. Warszawskiej 33. 18 listopada 1947 przeniosło się do Willi Schroedera i tu mieści się do dziś.
Dyrektorzy Walentyna Pokornowa – od X. 1945 do 30 IX. 1947 Zimowit Szuman – od 15 maja 1948 do 31 marca 1952 Wacław Krzywicki – od 1 września 1952 Henryk Przybylski – od 1 marca 1955 do 1968 roku Zofia Nowakowska – do lipca 1975 Zdzisław Linkowski – od 1 października 1975 Gabriela Balcerzak – od 1 listopada 2002 Wojciech Popek – do 27 czerwca 2017 Ewa Pawlak – od września 2017 (jako pełniąca obowiązki), od kwietnia 2018 formalnie
Filie Muzeum Lubuskiego W skład Muzeum wchodzą:
Zespół Willowo-Ogrodowy z pocz. XX w. przy ul. Warszawskiej 35, Spichlerz z 2. poł. XVIII w. przy ul. Fabrycznej 1-3, Zagroda Młyńska w Bogdańcu, ul. Leśna 37, Muzeum Grodu Santok w Santoku, ul. Wodna 2a. thumb|right|Pietà (warsztat nieznany, ok.