Wiśniowiecki faktycznie dowodził obroną Zbaraża (1649), choć formalnie dowódcą, z królewskiej nominacji, był regimentarz Andrzej Firlej. Na sejmie 1649/1650 roku wyznaczony z Senatu na komisarza komisji wojskowej lubelskiej, która zająć się miała wypłatą zaległych pieniędzy wojskuVolumina Legum, t. IV, Petersburg 1860, s. 129.. Przyczynił się do zwycięstwa nad siłami kozacko-tatarskimi w bitwie pod Beresteczkiem (1651), gdzie dowodził jazdą lewego skrzydła.
thumb|240px|Raina Mohylanka, matka Jeremiego Dziedzic wielkich dóbr w województwie ruskim, wołyńskim i przede wszystkim kompleksu dóbr łubniańskich w województwie kijowskim na Zadnieprzu. Intensywnie zasiedlał Zadnieprze. Posiadał własną armię, której liczebność wahała się od 2000 do 6000 żołnierzy.
Wiśniowiecki zmarł w czasie kampanii wojennej w niedzielę 20 sierpnia 1651 roku w Pawołoczy. Młody wiek i śmierć po nagłej, tygodniowej chorobie (malignaKsiążę Jeremi Wiśniowiecki. „Lwowianin”, s. 94.) wzbudziły podejrzenia o otrucie, ale sekcja zwłok tego nie potwierdziła. Wiśniowiecki chciał być pochowany w rodzinnym Wiśniowcu, tamtejszy kościół był jednak zniszczony, wobec tego pochowano go w krypcie klasztoru na Świętym Krzyżu.