Zakres działania zastępców Komendanta Głównego obejmował zagadnienia organizacyjne oraz prowadzenie szkolenia wojskowego. Szef Organizacyjny – Zdzisław Pajewski ps. „Zych” (od października 1939 r. do stycznia 1945 r.), komendant Szkół Podchorążych – mjr Tadeusz Grzeszczyński ps. „Zawisza” (od listopada 1939 r. do października 1944 r.), Szefostwo Tajnego Nauczania – prof. Michał Wawrzynowski ps.Znachor (od października 1939 r. do maja 1943 r.), prof. Stefan Łopato (od października 1939 r. do stycznia 1945 r.), Szef Wychowania Patriotycznego – Janusz Pietrzykowski ps. „Korek” (od października 1939 r. do stycznia 1945 r.),