Dwa lata później podobną obietnicę złożył inny kandydat do polskiego tronu, Maksymilian II Habsburg, zapewniając, że „z królem hiszpańskim ułoży się o Księstwo Baru”. O zwrot księstw Rossano i Bari starał się Zygmunt III Waza, wnuk Bony Sforzy. Z kolei jego syn, Władysław IV Waza, prawnuk Bony, negocjując z królem Hiszpanii, także domagał się zwrotu księstw Bari i Rossano.

W 1558 przeszło pod panowanie królestwa Neapolu, po czym podupadło, natomiast ponownie rozkwitło w XVIII wieku. W okresie panowania francuskiego (lata 1796–1814) marszałek Francji Joachim Murat mianowany w 1808 przez Napoleona I królem Sycylii rozbudował Bari w głąb lądu – budynki i pałace nowej dzielnicy zwane są Borgo Muratiano. Od 1860 miasto weszło w skład Królestwa Włoskiego.

2 grudnia 1943 doszło do niemieckiego nalotu na pełen alianckich statków port w Bari, co nazwane zostało „Małym Pearl Harbor”. W ciągu 20 minut bombardowania zatonęło 28 statków i zginęły około 2 tysiące ludzi, w tym wielu cywilów.

Edukacja thumb|left|Nagrobek królowej Polski, Bony Sforzy, w bazylice św.