Nowe państwo starało się uzyskać uznanie obcych mocarstw – warunkowe uznanie wyraziły Francja oraz Wielka Brytania.
Republika posiadała własną flagę – złocistą chryzantemę (herb cesarski) z nałożoną na nią czerwoną, siedmioramienną gwiazdą (symbol nowej republiki), na ciemnoniebieskim tle. Skarb państwa liczył 180 000 złotych ryō zabranych przez Enomoto z zamku w Osace po wieńczącej bitwę pod Toba-Fushimi ucieczce Yoshinobu Tokugawy na początku 1868 roku.
Podczas zimy 1868/1869 ufortyfikowany został południowy półwysep w pobliżu Hakodate, w centrum którego stała forteca Goryōkaku. Wojska zorganizowano pod francusko-japońskim dowództwem – głównodowodzący Keisuke Ōtori miał bezpośrednio pod sobą kapitana Jules'a Bruneta – i podzielono na cztery brygady. Każda z nich była dowodzona przez francuskiego podoficera (Fortanta, Marlina, Cazeneuve'a, Bouffiera) i dzieliła się dalej na półbrygady dowodzone przez Japończyków.
Brunet zażądał (i otrzymał) pisemnych przysiąg lojalności od oficerów oraz nalegał na wdrażanie francuskich rozwiązań. Anonimowy francuski oficer pisał, iż Brunet stanął na czele wszelkich zadań: