Tor linii poddawany jest ciągłej konserwacji z uwagi na zasypujący go piasek nawiewany z pustyni przez wiatr. Co 150 kilometrów rozmieszczone są na linii specjalne posterunki serwisowe, na których dyżury pełnią pracownicy techniczni. Ponadto jeżdżą nią specjalne pociągi, których zadaniem jest zmiatanie piasku z szyn.
Ruch kolejowy na linii Kolej mauretańska wykorzystywana jest przede wszystkim jako towarowa w przewozach rudy żelaza do portów atlantyckich i zaopatrzenia w wodę, paliwo oraz sprzęt górniczych miast saharyjskich. Kursuje nią 6 pociągów dziennie, po 3 w każdą stronę. Przeważają bardzo ciężkie pociągi o masie do 22 000 ton brutto i nacisku osi 26 tonJean-Louis Chaléard, Chantal Chanson-Jabeur, Chantal Béranger, Le chemin de fer en Afrique, s. 294..
Szlakiem kolei mauretańskiej regularnie jeżdżą najdłuższe towosy na świecie o długości do 2,8 kilometra. Dwa tego typu pociągi kursują codziennie na trasie Nawazibu – Zuwirat.