Większość analiz filogenetycznych wskazuje na to, że wątrobowce są ewolucyjnie najstarszą linią ewolucyjną, siostrzaną dla zróżnicowanych później mchów, glewików i roślin naczyniowych.
Pozycja i relacje filogenetyczne w obrębie mszaków nie są jednak wciąż ustalone w sposób jednoznaczny i co jakiś czas ukazują się prace wskazujące na jednak monofiletyczny ich charakter. W takim wypadku wątrobowce są wskazywane jako siostrzane wobec mchów, z glewikami tworzącymi grupę bazalną (takie wnioski wyciągają np. autorzy badań nad DNA chloroplastowym z 2018 i 2014 roku).
Podział wątrobowców
Klasa Haplomitropsida Stotler & Crandall-Stotler rząd Calobryales Hamlin – kalobriowce rząd Treubiales Schljakov
Klasa Jungermanniopsida Stotler et Crand.-Stotl. – jungermaniowe podklasa Jungermanniidae Engl. rząd Jungermanniales H.Klinggr. – jungermaniowce rząd: Porellales Schljakov rząd: Ptilidiales Schljakov podklasa Metzgeriidae Barthol.-Began rząd: Metzgeriales Chalaud rząd: Pleuroziales Schljakov podklasa Pelliidae He-Nygrén, Juslén, Ahonen, Glenny et Piippo rząd: Fossombroniales Schljakov rząd: Pallaviciniales W.Frey et M.Stech rząd: