Kovač wystąpił wtedy w 28 meczach zespołu, strzelając 2 gole. Na początku sezonu 1995 - 1996 powędrował do izraelskiego klubu, Hapoel Hajfa. Ten izraelski zespół w opinii fachowców, był faworytem do zwycięstwie w Leumit Liga. Niespodziewanie, zajął dopiero 4. miejsce, gorszym stosunkiem goli przegrywając walkę z Beitarem Jerozolima o Puchar UEFA. Zespół wywalczył prawo do występowania w następnym sezonie w Pucharze Intertoto. Kovač wystąpił w 18 meczach zespołu i zdobył 1 gola. Dodatkowo wystąpił parę razy w Pucharze Izraela. W następnym sezonie, 1996 - 1997, Hapoel Hajfa zajął dopiero 7. miejsce w lidze i nie awansowała do europejskich pucharów. Na dodatek, w Pucharze Izraela odpadli w ćwierćfinale po kompromitujących porażkach z Bene Jehuda Tel Awiw 0:2 i 0:4, a sam zawodnik wystąpił w 13 meczach, nie zdobywając żadnego gola. W Hapoelu wyrobił sobie jednak markę dobrego obrońcy i wrócił do kraju i to nie byle gdzie, bo do aktualnego wicemistrza kraju Hajduka Split. W tym sezonie wraz z Hajdukiem zdobył wicemistrzostwo Chorwacji oraz awansował do Pucharu UEFA, gdzie po pokonaniu luksemburskiego CS Grevenmacher 4:1 i 2:0, odpadł z niemieckim FC Schalke 04 0:2 i 2:3. Kovač wystąpił w 20 meczach drużyny nie zdobywając żadnego gola.