Orlen Płock, bo tak ówcześnie nazywała się Wisła spadł z 1 ligi, a w Pucharze został wyeliminowany w 5 rundzie przez wyżej wspomnianą Odrę Opole. Następny sezon, 2001 - 2002 Grgica rozpoczął więc po raz kolejny w Varteksie, w 9 meczach swego zespołu, zdobył aż 3 gole, a sam Varteks zajął 4. miejsce w lidze i awansował do europejskich pucharów, gdzie spisywał się bardzo dobrze. W pierwszej rundzie pokonał zespół z Liechtensteinu FC Vaduz 3:3 i 6:1. W następnej fazie trafił na angielskim Aston Villa, który sensacyjnie wyeliminował stosunkiem goli na wyjeździe wygrywając w Anglii 3:2 i u siebie przegrywając 0:1. W kolejnej fazie Varteks starł się z duńskim Broendby Kopenhaga, z którym wygrał u siebie 3:1 by w Kopenhadze przegrać aż 0:5. W meczach tych Kovač grał łącznie 10 minut, występując za każdym razem w roli rezerwowego. Bardzo dobrze było także w Pucharze Chorwacji, gdzie Varteks przegrał w finale z Dinamem Zagrzeb stosunkiem goli 1:2 po remisie u siebie 1:1 i przegranej w Zagrzebiu 0:1. W sezonie 2002 - 2003 nie znalazło się już miejsce w składzie dla Kovača, który musiał odejść do zespołu II ligi chorwackiej Marsonia Slavonski Brod, z którym z 1 miejsca w lidze awansował do 1 ligi. Sam zawodnik wystąpił jednak w składzie tylko 4 razy i to w meczach z najsłabszymi rywalami.