Pod klapą po prawej stronie kadłuba znajdowała się awaryjna turbina napędzana pędem powietrza, która w awaryjnych sytuacjach zapewniała energię elektryczną i ciśnienie w układach hydraulicznych.
Na obu krawędziach skrzydeł na całej długości płatów zainstalowane klapy: natarcia i spływu, dodatkowo zainstalowano klapy systemu BLC (Boundary Layer Control) polepszające charakterystyki lotne maszyny przy małych prędkościach i podczas lądowania. F-104 był pierwszym samolotem z systemem BLC, dzięki któremu pomimo smukłej sylwetki i krótkich skrzydeł prędkość lądowania maszyny była porównywalna z innymi ówczesnymi myśliwcami. W celu skrócenia dobiegu pod ogonem maszyny zainstalowano spadochron hamujący.