Małe skrzydła które generowały małe opory przy przekraczaniu prędkości dźwięku miały bardzo małą powierzchnię a co za tym idzie duże ich obciążenie i ze względu na swój naddźwiękowy profil generowały małą siłę nośną przy niższych prędkościach. Wynikiem czego była bardzo mała nawet jak na owe lata zwrotność F-104.
Usterzenie poziome zostało umieszczone wysoko na stateczniku pionowym w celu przeciwdziałania efektom przekroczenia masowego momentu bezwładności względem prędkości kątowej, szkodliwego zjawiska, które doprowadziło do katastrofy między innymi eksperymentalnego Bell X-1. Ponieważ statecznik poziomy miał rozpiętość prawie równą długości skrzydła samolotu i porównywalnej nośności, również mógł generować niepożądane efekty, dlatego skrzydła F-104 zostały zamontowane z ujemnym wzniosem 10°. W późniejszym okresie zainstalowano system umożliwiający wysuwanie klap podczas lotu, co zapewniało większą zwrotność samolotu podczas walki.