17 września 1939 do miasta wkroczyły wojska radzieckie. Podczas okupacji sowieckiej rozwiązane zostały przedwojenne instytucje (w tym żydowskie), zakazano działalności politycznej.
7 lipca 1941 roku miejscowość została zajęta przez wojska węgierskie. W tym czasie Ukraińcy usiłowali dokonać pogromu Żydów, lecz zapobiegli temu Węgrzy. Od sierpnia 1941 władanie miasta przeszło w ręce okupacyjnej administracji niemieckiej. W mieście w połowie 1941 roku przebywało około 3000 Żydów. Byli to miejscowi oraz uciekinierzy z terenów Polski centralnej.
Starostą początkowo został były zastępca szefa Gestapo w Szczecinie, sturmbannführer SS Gerhard Littschwager, a od końca kwietnia 1942 roku – hauptsturmführer SS Hans Kujat. W Borszczowie działał posterunek policji kryminalnej, który podlegał oddziałowi policji bezpieczeństwa w Czortkowie, oraz posterunek żandarmerii i ukraińskiej policji pomocniczej. Podobnie jak w wielu miejscowościach zajętych przez Niemców został utworzony Judenrat. Na jego czele stanął Wolf Hess. Pod koniec lipca 1942 roku za sprzeciwienie się zarządzeniom okupantów wysłano go do obozu zagłady w Bełżcu. Szefem Judenratu został Oskar Hessing, uciekinier z Wiednia.