W 1979 wrócił do kraju i stanął ponownie na czele 14. Mazurskiej Brygady Zmotoryzowanej Wojsk Obrony Wewnętrznej w Olsztynie. W 1984 roku obronił pracę na temat działań zaczepnych związków taktycznych wojsk lądowych i otrzymał tytuł doktora nauk wojskowych. W sierpniu 1985 objął funkcję dowódcy Nadwiślańskich Jednostek Wojskowych Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (oddelegowany z MON do MSW). Funkcję tę pełnił do 4 maja 1992. 31 grudnia tego samego roku zakończył służbę wojskową.
W wyborach do sejmu w 2007 kandydował bez powodzenia jako kandydat bezpartyjny z listy Samoobrony RP w okręgu gdyńskimSynowa Hojarskiej na liście Samoobronywprost.pl.
Żonaty z Wandą, córką Stanisława i Marii Świrskich, miał dwoje dzieci. Pochowany na cmentarzu Łostowickim w Gdańsku (rejon Kolumbarium 22, kwatera strona A-1-9). mały|Grób gen. Edwarda Wejnera na cmentarzu Łostowickim w Gdańsku Awanse W trakcie wieloletniej służby w ludowym Wojsku Polskim otrzymywał awanse na kolejne stopnie wojskoweJanusz Królikowski, Generałowie i admirałowie Wojska Polskiego 1943–1990 t. IV: S–Z, Toruń 2010, s.